1989年7月1日，铁道部基本建设总局撤销，中国铁路工程总公司成立。总公司是铁道部领导下的自主经营、独立核算、自负盈亏、具有法人资格的全民所有制企业，对下属第一至第五工程局，大桥、隧道、建厂、电气化工程局，第一至第四勘察设计院，山海关、沈阳、宝鸡桥梁工厂，宝鸡、武汉工程机械厂，武汉工程机械研究所，以及总公司其他下属单位，实行统一领导和管理，实行总经理负责制。2001年1月因铁道部体制改革要求，除第一至第四勘测设计院和专业设计院外，中国铁路工程总公司和其他下属单位不再受铁道部领导。