地质构造主要包括断裂和褶皱，对地下水循环运动的途径和方向起着重要的控制作用，因而对岩溶发育产生重要影响。

因岩层褶皱，伴生和派生的裂隙系统一方面为地下水的活动提供了通路;另一方面，因褶曲变形的隔水层又限制着地下水的循环补排，所以岩溶发育也具有不同的特点。当向斜褶皱的核部形成承压水时，一般情况下，岩溶发育可能相对均一。但是，如果有显著的张裂带产生，也可能发育横穿向斜的倒虹吸状的岩溶管道。在背斜褶皱中，沿背斜轴部上层的纵张和横张裂隙，也可能发育岩溶管道。

溶洞通道网络的组合格式与溶洞区碳酸盐岩的主导裂隙方向相当一致。一般认为，压性或压扭性裂隙透水性弱，构造岩也比较密实，常形成阻水带，但断层两盘的碎裂岩带，由于岩体破碎松弛，又常成为地下水的活动带。除此之外，层面和裂隙对岩溶发育有重要作用。特别是不纯碳酸盐岩或碳酸岩与非可溶岩间互层组合中，溶洞和岩溶管道沿层面和层间裂隙发育的现象十分普遍。很多落水洞或溶洞就是沿层间裂隙和切层裂隙相连接的部位发育的，一些岩溶管道常呈阶梯状向地下延伸，或者曲折前进，通向岩溶水的排泄区。