到2000年底，新疆境内的铁路线路总长5375.7千米，建成了以兰新线(兰州至乌鲁木齐)及其复线、兰新铁路西段(乌鲁木齐至阿拉山口)、南疆铁路东线(吐鲁番至库尔勒)及南疆铁路西延线(库尔勒至喀什)等干线为骨干，以乌鲁木齐至小黄山、柳树泉至三道岭等数十条支线、专用铁道和企业专用线为补充的铁路运输网络。

新疆铁路已开通乌鲁木齐至北京、上海、郑州、济南、成都、兰州、西安、库尔勒、阿克苏、奎屯、阿拉山口、喀什和库尔勒至济南等13对国内直通客车和乌鲁木齐至库尔勒的“天鹅号”、乌鲁木齐至柳园的“敦煌号”两列优质优价旅游列车以及乌鲁木齐(中国)至阿拉木图(哈萨克斯坦)的一列国际旅客列车。1999年，铁路共发送货物3201.1万吨，输送出疆物资2254.1万吨，发送旅客875.9万人次，完成换算周转量364.4亿吨千米，分别比1980年增长3.6倍、4.5倍、2.1倍和4.2倍。1992年9月亚欧第二座大陆桥的开通，更使兰新线成为连接中亚、西亚和欧洲的国际大通道。第二座大陆桥，东起我国江苏省连云港，西至欧洲荷兰鹿特丹港。途经中国、哈萨克斯坦、俄罗斯、波兰、德国、荷兰等国，全长10800千米，在我国境内长4100多千米，在新疆境内走行距离为1213千米。